需要根據(jù)抗體應(yīng)用于什么實(shí)驗(yàn)，以及您所能獲得的材料來(lái)決定。

1. 實(shí)驗(yàn)過(guò)程中蛋白處于天然狀態(tài)，這時(shí)使用的抗體識(shí)別的一般是蛋白的構(gòu)象表位和線性表位；這樣的實(shí)驗(yàn)主要有CO-IP、FACS、Neutralizing/Blocking以及ELISA法檢測(cè)天然蛋白等；

2. 實(shí)驗(yàn)過(guò)程中蛋白處于變性或半變性狀態(tài)，這時(shí)大部分的構(gòu)象表位已被破壞，抗體識(shí)別的一般都是線性表位；這樣的實(shí)驗(yàn)主要有：Western、IHC/ICC/IF等以多肽作為抗原制備的抗體，識(shí)別的是線性表位，在使用時(shí)蛋白處于變性或半變性狀態(tài)下，結(jié)果可以令人滿意；但不能夠保證識(shí)別天然蛋白以蛋白作為抗原制備的抗體，識(shí)別蛋白的線性和構(gòu)象表位，基本上所有的實(shí)驗(yàn)都可以應(yīng)用，所以，用蛋白作為抗原應(yīng)是首選，但是在多肽抗原已可滿足實(shí)驗(yàn)要求而且得到蛋白有一定難度的情況下，以多肽作為抗原制備抗體更加合適。

3. 如果提供全氨基酸序列的話，就可以表達(dá)蛋白；如果提供的只是多肽序列的話，那么只能合成多肽，但是一般來(lái)說(shuō)，用完整的蛋白比用多肽免疫的效果要好，而且多肽免疫后的血清不保證一定可以識(shí)別完整的抗原。因?yàn)殡闹皇且粋�(gè)線性序列，而且是人工合成的，所以針對(duì)這個(gè)肽的抗體能否識(shí)別天然蛋白是不確定的，所以在制備抗體之前，對(duì)肽的設(shè)計(jì)很重要。