如果氨基酸序列已知，但是由于基因克隆或表達(dá)等原因得不到抗原蛋白，或者僅需要得到針對(duì)抗原蛋白某幾個(gè)特定表位的抗體，就可以采用多肽合成的方式得到抗原。

例如僅需要生產(chǎn)針對(duì)蛋白質(zhì)某個(gè)區(qū)域的特異抗體，比如研究蛋白質(zhì)N端的前體物，可以設(shè)計(jì)N末端的多肽抗原。

如果抗體的使用目的是識(shí)別修飾的氨基酸，如磷酸化的絲氨酸、蘇氨酸或者酪氨酸，乙�；�賴(lài)氨酸等，就必須對(duì)多肽進(jìn)行相應(yīng)的修飾。

一般情況下抗血清能夠識(shí)別用來(lái)免疫的多肽序列，但是不一定識(shí)別天然蛋白質(zhì)的折疊結(jié)構(gòu)。非連續(xù)性抗原的抗體能否識(shí)別抗原決定簇取決于用于抗體生產(chǎn)的多肽是否存在二級(jí)結(jié)構(gòu)。